Sommige schimmels ook de productie van mycotoxines die ernstige gezondheidsrisico's voor mensen en dieren inhouden kunnen. Sommige studies beweren dat blootstelling aan hoge niveaus van mycotoxines kan leiden tot neurologische problemen en in sommige gevallen, dood. Langdurige blootstelling, bijvoorbeeld dagelijkse huis blootstelling, kan met name schadelijk zijn. Onderzoek naar de gezondheidseffecten van de schimmel is niet afdoende geweest. De term "giftige schimmel" verwijst in het algemeen aan mallen die produceren van mycotoxines, zoals Stachybotrys chartarum, en niet aan alle mallen.
Schimmel in de woning kan meestal worden gevonden in stomende, vochtige en donkere gebieden b.v. badkamer of keuken, rommelige opslaggebieden, onlangs overstroomde gebieden, kelder gebieden, sanitaire ruimten, gebieden met slechte ventilatie en buitenshuis in vochtige omgevingen. Symptomen veroorzaakt door allergie van de schimmel zijn: waterige, itchy ogen; een chronische hoest; hoofdpijn of migraine; ademhalingsproblemen; huiduitslag; vermoeidheid; sinus problemen; nasale verstopping en frequent niezen.
Schimmels kunnen ook een gevaar voor de gezondheid van mens en dier opleveren wanneer ze worden verbruikt na de groei van bepaalde soorten schimmel in het opgeslagen voedsel. Sommige soorten produceren giftige secundaire metabolieten, collectief mycotoxines zoals aflatoxines, ochratoxines, fumonisinen, trichothecenen, Citrinine en patuline genoemd. Deze toxische eigenschappen mogen worden gebruikt ten behoeve van de mens, wanneer de toxiciteit is gericht tegen andere organismen; bijvoorbeeld penicilline negatieve gevolgen heeft voor de groei van gram-positieve bacteriën (bijvoorbeeld Clostridium-soorten), bepaalde spirocheten en bepaalde schimmels